Luis Ortigoza tiene seis procesos abiertos por lesión de confianza todos cometidos supuestamente cuando se desempeñó como presidente del Indert durante el breve gobierno de Federico Franco.

En poco más de nueve meses de mandato Ortigoza fue denunciado por millonarios desfalcos y durante años chicaneo cada uno de estos casos para no ir preso, finalmente ahora ya no se presentó a afrontar los procesos ante la justicia por lo que la jueza Gorostiaga dictó la orden de captura.

El primer caso que llegó a ser denunciado fue la compra sobrevalorada de tierras en el departamento de la Cordillera donde se pagó G. 60.000 millones por un inmueble que solo estaba valuado en G. 1.000 millones. También se lo investiga por la venta de tierras de la Reserva del Mbaracayú. El tercer caso se dio cuando se vendieron 4.000 hectáreas en el Chaco por un valor mucho menor.

Otro proceso se abrió cuando se vendió a un ciudadano árabe 10 hectáreas en Capitán Bado, que pertenecía al aeropuerto local y otro proceso más se abrió a Ortigoza por una adjudicación de 48.000 hectáreas en el departamento de Alto Paraguay de forma irregular.